南通綜合保稅區于2013年1月3日經國務院批準設立，規劃面積5.29平方公里，實行“一區兩片”的發展格局。其中，A區位于原南通出口加工區范圍內，規劃面積1.5平方公里，四至范圍為東至新開北路，南至復興路，西至中天路，北至通啟河；B區位于蘇通長江大橋東側2公里處，緊鄰規劃中的年吞吐量200萬標箱的集裝箱碼頭，規劃面積3.79平方公里，四至范圍為東至開發區與海門市交界，西至農場路，南至長江，北至緯十七路、緯十五路、緯十六路。
　　南通綜合保稅區具9大區域功能：
    1.保稅加工：將未辦理納稅手續進境的貨物，在區內加工裝配后復運出境，或將保稅進口料件加工的成品轉至另一海關轄區內的加工貿易企業進一步加工后復出口。
    2.口岸作業：接收、發送、存儲、中轉通過南通綜合保稅區進出境的貨物以及其他未辦結海關手續的貨物，開展貨物裝卸、接駁、拖運、存儲等基本的貨運口岸作業業務。
    3.保稅倉儲：保稅存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物。
    4.國際采購與配送：企業可在境內、外自由采購貨物，可將貨物自由配送給境內、外企業，也可與國內其他海關特定監管區域間轉移。
    5.國際轉口貿易：貨物在區內存儲后不經加工即轉手出口到其他目的國和地區。
    6.研發：區內研發機構購置的研發設備免征進口關稅和進口環節增值稅，研發料件保稅，可將研發成果轉讓給境內外機構產業化。
    7.檢測與維修：高技術含量、高附加值產品檢測，國產出口貨物售后維修。
    8.展覽展示：發展與保稅加工、保稅物流相關的展覽展示及相關的交易業務。
    9.對外貿易：充分發揮區位與功能政策條件、延伸適用快速通關、商品保稅、倉儲物流等政策，開展對外貿易。

　　南通綜合保稅區距南通港主港口5公里，距上海洋山港180公里，距上海吳淞港140公里，距上海虹橋機場100公里，距浦東國際機場150公里，距南京祿口機場240公里，距南通機場15公里。